Niedoszły student nie zgodził się z decyzją uczelni, ponieważ kierunek, na którym chciał studiować, był dotowany przez Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej kwotą 140 tys. zł. Zdaniem Joppa, na studiach finansowanych z publicznych środków nie powinno dochodzić do segregacji religijnej. Dlatego skierował sprawę do sądów. W administracyjnych przegrał w obu instancjach. W 2019 r. wygrał jednak proces cywilny.
Sąd Rejonowy w Toruniu uznał, że Jopp stał się ofiarą dyskryminacji wyznaniowej i przyznał mu 5 tys. zł zadośćuczynienia. W 2020 r. ten wyrok podtrzymał sąd drugiej instancji. Po upomnieniach Marek Jopp dostał pieniądze od WSKSiM na swoje konto. Część z tych pieniędzy wpłacił na rzecz Polskiego Towarzystwa Prawa Antydyskryminacyjnego.
PG staje w obronie uczelni
Okazało się jednak, że to nie koniec sporu. 6 lipca 2021 r. do Sądu Okręgowego w Toruniu, który odrzucił w II instancji apelację uczelni, wpłynęła skarga nadzwyczajna Prokuratora Generalnego na to rozstrzygnięcie. Odpowiadając na pytania Onetu o powody zaangażowania się PG w tę sprawę Prokuratura Krajowa napisała: "zapadły 21 sierpnia 2020 r. przed Sądem Okręgowym w Toruniu wyrok w sprawie o sygnaturze VIII Ca 1058/19 narusza zasady i wolności określone w Konstytucji RP, a także przepisy tzw. ustawy antydyskryminacyjnej poprzez jej błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie. Skarżący wniósł o uchylenie orzeczenia".
Zdaniem Prokuratora Generalnego, studia podyplomowe nie mają charakteru zawodowego, więc nie można było w tym przypadku zastosować ustawy dyskryminacyjnej, która była podstawą do przyznania Markowi Joppowi zadośćuczynienia. PG utrzymywał też, że "problemem w sprawie nie była jakakolwiek dyskryminacja, ale wewnętrzne uchybienia administracyjne, które spowodowały, że pracownik Uczelni błędnie poinformował Marka Joppa o przyjęciu na studia podyplomowe".
Według Onetu, Marek Jopp nie ukrywał żalu do Prokuratury Generalnej, że wniosła skargę. Jego zdaniem za wszystkim mogła stać polityka, bo zwykle najważniejsze organy państwowe nie angażują się w sprawy cywilne o 5 tys. zł, w dodatku podważając prawomocny już wyrok.
- Obawiałem się rozstrzygnięcia, bo to nie było normalne, ale wszystko skończyło się dobrze i jestem szczęśliwy, że sędziowie podjęli sprawiedliwą decyzję - skomentował Marek Jopp decyzję SN - Mam nadzieję, że to już koniec tego procesu, choć jeden z prawników wyraził obawę, że ktoś może jeszcze próbować podważać ten wyrok poprzez decyzję wydaną przez Trybunał Konstytucyjny. Oby tak się jednak nie stało - dodał w rozmowie z Onetem.