Kłopoty PAN, a konkretnie instytutów zajmujących się naukami humanistycznymi, zaczęły się po zmianie przepisów dotyczących szkolnictwa wyższego z października 2011 r. Wówczas określono, że do minimum kadrowego, od jakiego zależy prowadzenie studiów i nadawanie tytułów, są wliczani tylko ci nauczyciele akademiccy, dla których dana uczelnia czy akademia "stanowi podstawowe miejsce pracy". Pracownicy PAN z powodów finansowych jako podstawowe miejsce coraz częściej wskazują uczelnie prywatne.
– Zaczynamy tracić kadrę – skarży się prof. Irena Rzeplińska, zastępca dyrektora Instytutu Nauk Prawnych PAN.
Nowy wymóg oznacza, iż profesor czy doktor habilitowany z PAN, który pracuje także na wyższej uczelni, musi zdecydować, które miejsce pracy jest dla niego podstawowe. Ponieważ pensje oferowane im przez uczelnie prywatne kilkakrotnie przewyższają te w akademii, coraz częściej to je wskazują jako główne miejsce pracy.
Np. profesor prawa, który w PAN może liczyć na podstawową pensję ok. 3100 zł brutto, na prywatnej uczelni w Warszawie może dostać nawet 15 tys. zł (czasem warunkiem takiego wynagrodzenia jest decyzja o wyborze jako podstawowego miejsca pracy tej uczelni).
Z tymi wyborami naukowców wiążą się mniejsze wpływy z budżetu. PAN dostaje bowiem z Ministerstwa Nauki dotacje na działalność statutową tylko na osoby wskazujące akademię jako podstawowe miejsce pracy.